Muitas empresas prestadoras de serviço estão tendo um desembolso de tributos acima do devido, prejudicando sua lucratividade e sua capacidade de investimento. Com efeito, a legislação tributária atual considera para a base de cálculo do PIS/Pasep e da COFINS a incidência do ISSQN, e isso gera o pagamento de tributo sobre tributo, ou seja, os contribuintes acabam pagando PIS/Pasep e COFINS sobre o valor do ISSQN.
Motivados pela decisão do STF que pacificou, agora de forma definitiva e sob a sistemática da repercussão geral, a tese de que "o ICMS não compõe a base de cálculo para a incidência do PIS e da COFINS”, vários contribuintes ingressaram em juízo pleiteando que os valores de ISSQN fossem excluídos da base de cálculo do PIS/Pasep e da COFINS, pois se a conclusão do STF é válida para imposto estadual (RE 574.706 RG/PR), também deve ser aproveitada no caso do tributo municipal.
O Judiciário vem acatando esta tese. Existem várias decisões no sentido de que, assim como ocorre com o ICMS, o valor arrecadado a título de ISSQN não se incorpora ao patrimônio do contribuinte e, dessa forma, não pode integrar a base de cálculo do PIS/Pasep e da COFINS, que são destinadas ao financiamento da seguridade social. Com isso, as empresas prestadoras de serviços podem pleitear a exclusão do ISSQN destas contribuições, bem como a recuperação dos valores recolhidos indevidamente nos últimos 5 anos, melhorando seus fluxos de caixa e aumentando seus lucros líquidos.